Η εύρεση απολιθωμένων οστών νάνων ιπποπόταμων και ελεφάντων δίνει μια αχνή εικόνα της πανίδας του νησιού κατά το Πλειστόκαινο. Και σήμερα ωστόσο, παρά την σαρωτική επέκταση των ανθρώπινων δραστηριοτήτων, επιβιώνουν αρκετά άγρια, μικρά θηλαστικά όπως ο κρητικός ασβός (Meles-meles arcalus), η καλιγιαννού (Mustela nivalis galinthias) και η ζουρίδα (Martes foina bunites).
Δυστυχώς, η μεγαλύτερη πιθανότητα που έχει να τα δει κανείς είναι νεκρά στην άσφαλτο. Σημαντικό γεγονός αποτελεί η επανεμφάνιση τα τελευταία χρόνια του αγριόγατου (Felix silvestris), είδος που θεωρούνταν εξαφανισμένο. Στην Κρήτη δεν υπάρχουν δηλητηριώδη ερπετά.
Η όχεντρα (Elaphe situla) και η δενδρογαλιά (Coluber gemonensis) συχνάζουν στα δέντρα και ανάμεσα στις πέτρες. Η κολισαύρα (Podarchis erhardii) είναι πολύ κοινή σε αντίθεση με την πρασινόσαυρα (Lacerta trilineata) που είναι πιο σπάνια.
Στα κλαδιά των δέντρων συχνάζει ο μικροσκοπικός κρητικός δενδροβάτραχος, ενώ οι φρύνοι (Bufo bufo) προτιμούν υγρές περιοχές. Τις βόρειες αμμώδεις παραλίες του νησιού, σήμερα προστατευόμενες από εθελοντές, επισκέπτεται η θαλάσσια χελώνα Careta careta, για να εναποθέσει τ’ αυγά της.
Η ορνιθοπανίδα του νομού είναι πολύ πλούσια. Μικροπούλια, όπως σπουργίτια (Passer domesticus), καρδερίνες (Carduelis carduelis), σταχτάρες (Apus apus), σπίνοι (Fringila coelembs) κ.α κοκκινολαίμηδες (Erithacus rubecula) μα και μεγαλύτερα όπως κοτσύφια (Tarduw merula), τσαλαπετεινοί (Upupa epops), πέρδικες (Alectoris chucar) και κουρούνες Corvus corone) έχουν συχνή παρουσία στους αγρούς. Στον ουρανό συχνά αιωρούνται Βραχοκιρκίνεζα (Falco tinnunculus) και γερακίνες (Buteo buteo) ενώ συχνή είναι η παρουσία του γκιώνη (Otus scops).
Παρατήρηση πουλιών
Τα βουνά και τα φαράγγια αποτελούν παράδεισο για τους παρατηρητές πουλιών, αφού εδώ φωλιάζουν πουλιά όπως ο Γυπαετός ή Κοκαλάς (Gypaetus barbatus), ένα σπάνιο μεγαλόπρεπο πουλί με άνοιγμα φτερών που φτάνει κοντά στα 3μ.
Πιο συχνή είναι η παρουσία ενός άλλου μεγάλου πουλιού, του Όρνιου ή Σκάρας (Gyps fulvus), όπως το ονομάζουν στην Κρήτη, και της μικρότερης καλιακούδας (Pyrrhocοrax pyrrhocοrax).
Αποδημητικά πουλιά όπως χαλκόκοτες (Plegadis falcinellus) και νερόκοτες (Gallinula chloropus) συναντά κανείς συχνά στους υγρότοπους της Αγίας Γαλήνης και του Γεροπόταμου. Το φράγμα των Ποταμών που μπήκε σε λειτουργία πρόσφατα θεωρείται ότι θα γίνει πόλος έλξης πολλών ειδών ορνιθοπανίδας.