Η εύρεση απολιθωμένων οστών νάνων ιπποπόταμων και ελεφάντων δίνει μια αχνή εικόνα της πανίδας του νησιού κατά το Πλειστόκαινο. Και σήμερα ωστόσο, παρά την σαρωτική επέκταση των ανθρώπινων δραστηριοτήτων, επιβιώνουν αρκετά άγρια, μικρά θηλαστικά όπως ο κρητικός ασβός (Meles-meles arcalus), η καλιγιαννού (Mustela nivalis galinthias) και η ζουρίδα (Martes foina bunites).

Δυστυχώς, η μεγαλύτερη πιθανότητα που έχει να τα δει κανείς είναι νεκρά στην άσφαλτο. Σημαντικό γεγονός αποτελεί η επανεμφάνιση τα τελευταία χρόνια του αγριόγατου (Felix silvestris), είδος που θεωρούνταν εξαφανισμένο. Στην Κρήτη δεν υπάρχουν δηλητηριώδη ερπετά.

Η όχεντρα (Elaphe situla) και η δενδρογαλιά (Coluber gemonensis) συχνάζουν στα δέντρα και ανάμεσα στις πέτρες. Η κολισαύρα (Podarchis erhardii) είναι πολύ κοινή σε αντίθεση με την πρασινόσαυρα (Lacerta trilineata) που είναι πιο σπάνια.

Στα κλαδιά των δέντρων συχνάζει ο μικροσκοπικός κρητικός δενδροβάτραχος, ενώ οι φρύνοι (Bufo bufo) προτιμούν υγρές περιοχές. Τις βόρειες αμμώδεις παραλίες του νησιού, σήμερα προστατευόμενες από εθελοντές, επισκέπτεται η θαλάσσια χελώνα Careta careta, για να εναποθέσει τ’ αυγά της.

Η ορνιθοπανίδα του νομού είναι πολύ πλούσια. Μικροπούλια, όπως σπουργίτια (Passer domesticus), καρδερίνες (Carduelis carduelis), σταχτάρες (Apus apus), σπίνοι (Fringila coelembs) κ.α κοκκινολαίμηδες (Erithacus rubecula) μα και μεγαλύτερα όπως κοτσύφια (Tarduw merula), τσαλαπετεινοί (Upupa epops), πέρδικες (Alectoris chucar) και κουρούνες Corvus corone) έχουν συχνή παρουσία στους αγρούς. Στον ουρανό συχνά αιωρούνται Βραχοκιρκίνεζα (Falco tinnunculus) και γερακίνες (Buteo buteo) ενώ συχνή είναι η παρουσία του γκιώνη (Otus scops).