In den Bergen der Präfektur Rethymno gibt es sehr viele Höhlen, deren Zahl man auf 850 schätzt. Aufgrund ihrer Verwendung in der Vergangenheit, und teilweise noch heute, sind sie, abgesehen von ihrer teilweisen natürlichen Schönheit, von außergewöhnlichem archäologischen und volkskundlichen Interesse. Die bekanntesten Höhlen der Präfektur sind die in Gerani und die Simonelli-Höhle am Westrand der Stadt, die Höhle des heiligen Antonius in Patsos/Amari, die Melidoni-Höhle, das Ideon Andron, die Höhle von Moungri bei Sisses und die Sfentoni-Höhle in Zoniana.
Auf der Nida-Hochebene am Fuß des Psiloritis, 24 km von Anogia und 78 km von Rethymno entfernt, liegt das Idaion Andron. Was den Besucher am meisten beeindruckt, ist der riesige Eingang der Höhle, die sich in 1.538 m Höhe befindet. Es handelt sich um eine riesige Höhle, die über einen großen Zentralraum und eine Seitenkammer von 22 m Länge verfügt. Die Höhle, in der laut der Sage Zeus großgezogen wurde, war, sowohl während der minoischen wie in der römischen Epoche, ein wichtiges Kultzentrum. Die Ausgrabungsarbeiten, die in ihrem Inneren stattfinden, haben viele interessante Funde ans Licht gebracht, unter anderem Tongegenstände und Goldschmuck, Metallgegenstände und natürlich die berühmten Kupferschilde. Da die Forschungsarbeiten noch nicht abgeschlossen sind, kann die Höhle nicht besucht werden.
Die Ausgrabungen, die in der Melidoni-Höhle durchgeführt werden, ergaben, dass die Höhle von den Anfängen der Neusteinzeit bis zur römischen Epoche als Kultstätte Verwendung fand. Gemäß einer gefundenen Inschrift wurde hier auch Hermes verehrt. Auch in der neueren Zeit spielte die Höhle eine wichtige Rolle: Im Januar 1834, während der türkischen Besetzung, erstickten 370 Einwohner von Melidoni im Inneren der Höhle, als die Türken vor dem Eingang ein Feuer entzündeten. Am Denkmal, das sich im ersten Raum der Höhle befindet, werden ihre Knochen aufbewahrt. Die Höhle kann besucht werden.
In der Gerani-Höhle mit ihren wundervollen Stalagmiten und den 6 Kammern hat die archäologische Forschung außer drei menschlichen Skeletten noch viele Knochen- und Steinwerkzeuge aus der Neusteinzeit ans Licht gebracht. Es wurde ebenfalls interessantes paläontologisches Material gefunden, das vermutlich zu über einhundert einheimischen Rehen gehörte, die vermutlich gegen Ende des Pleistozäns starben. Die gefundenen Skelette gehörten vermutlich Menschen, die aufgrund eines Erdbebens in der Höhle eingeschlossen worden waren.
Die Sfentoni-Höhle in Zoniana/ Mylopotamos (47 km von Rethymno entfernt, auf der Straße Rethymno-Perama-Axos) hat 14 Kammern und ist übersät von Stalagmiten und Stalaktiten. Ihre Länge beträgt 550 m und ihre Gesamtfläche mißt 3.330 m2. Die archäologischen Ausgrabungen haben in den letzten Jahren eine neusteinzeitliche Anlage im Inneren der Höhle ans Licht befördert.
Die Höhle des heiligen Antonios in Patsos ist eine weitere Grotte mit kultischen Charakter, denn wie die archäologischen Ausgrabungen ergaben, war sie von der spätminoischen bis zur römischen Epoche ein wichtiges Kultzentrum. Gemäß einer gefundenen Inschrift wurde hier der Hermes Kranaios verehrt. Die Kirche, die sich in der Höhle befindet, ist dem heiligen Antonios, dem Schutzherrn der Kinder, gewidmet. Die Höhle kann besucht werden.
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Stalagmitsäule in der Sfendonihöhle

Die Morgendämmerung von der Melidonihöhle aus gesehen
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